У Вінницькому міському палаці дітей та юнацтва працює шість відділів:
- інформаційно-методичний
- організаційно-масовий
- науки та технічної творчості
- декоративно-прикладного мистецтва
- художньо-естеттичного виховання
- спортивної та фізкультурно-масової роботи